Tutkijat löytävät lähes 2000 uutta suolistobakteeria
Lukuisten viimeaikaisten tutkimusten mukaan ihmisen suolistobakteeripopulaatiot pystyvät vaikuttamaan fyysisen ja henkisen terveytemme eri näkökohtiin. Tästä huolimatta monet bakteerit ovat "kartoittamattomia" tutkijoiden keskuudessa. Uusi tutkimus on nyt paljastanut noin 2000 aiemmin tuntematonta suolistobakteeria.
Viimeaikaiset tutkimukset, jotka kattavat Lääketieteelliset uutiset tänään ovat osoittaneet, että suoliston mikrobilla voi olla rooli Parkinsonin taudissa ja dementiassa, ja he voivat selittää, miksi tyypin 2 diabeteksen lääkitys toimii hyvin joillekin mutta ei toisille.
Uusi tutkimus - ilmestyi eilen lehdessä Luonto - on nyt tunnistanut lähes 2000 uutta suolistobakteerilajia, joita tutkijat eivät ole koskaan aikaisemmin viljelleet laboratoriossa.
Tutkijaryhmä Euroopan bioinformatiikan instituutista (EMBL-EBI) ja Wellcome Sanger -instituutista, molemmat Hinxtonissa, Iso-Britanniassa, käyttivät laskennallista analyysiä arvioidakseen suoliston mikrobiominäytteet osallistujilta ympäri maailmaa.
"Laskennalliset menetelmät antavat meille mahdollisuuden ymmärtää bakteereja, joita emme vielä voi viljellä laboratoriossa", kertoo tutkimuksen kirjoittaja Rob Finn EMBL-EMI: stä.
"Metagenomiikan [geneettisen materiaalin analyysi] käyttäminen bakteerien genomien rekonstruoimiseksi on vähän kuin satojen palapelien rekonstruointi kaikkien kappaleiden sekoittamisen jälkeen, tietämättä miltä lopullisen kuvan on tarkoitus näyttää, ja kun olet poistanut muutaman palan kokonaan. sekoita vain, jotta se olisi hieman vaikeampi ”, hän jatkaa.
Finn jatkaa kuitenkin: "Tutkijat ovat nyt vaiheessa, jossa he voivat käyttää erilaisia laskentatyökaluja täydentääkseen ja joskus ohjaamaan laboratoriotyötä paljastamaan uusia oivalluksia ihmisen suolistoon."
Uusi lähestymistapa
Ryhmä pystyi rekonstruoimaan 92 143 genomia näytteistä 11 850 erilaisesta suolen mikrobista.
Tämä antoi tutkijoille mahdollisuuden tunnistaa 1952 suolistobakteerilajia, joista he ja muut eivät tienneet tähän asti.
Finn ja hänen kollegansa selittävät, että monilla bakteerilajeilla on niin sanottu "matala profiili", koska tutkijat ovat löytäneet niitä suolesta vain hyvin vähän tai he eivät voi selviytyä suolistoympäristön ulkopuolella.
He huomauttavat, että tämä on toistaiseksi estänyt tutkijoita lisäämästä tällaisia lajeja luetteloonsa suolistobakteereista, joista he tietävät. Tämä on myös syy siihen, miksi tämän tutkimuksen suorittanut ryhmä päätti valita uuden reitin - ja käyttää laskennallisten menetelmien yhdistelmää yrittäessään saada aikaan kattavampi "kartta" ihmisen mikrobista.
"Laskennallisten menetelmien avulla voimme saada käsityksen monista ihmisen suolistossa elävistä bakteerilajeista, niiden kehityksestä ja millaisista rooleista ne voivat olla mikrobiyhteisössään", kertoo tutkimuksen toinen kirjoittaja Alexandre Almeida.
Kohti yhtenäisen suunnitelman luomista
"Tässä tutkimuksessa", Almeida selittää, "käytimme kattavimpia julkisia maha-suolikanavan bakteerien tietokantoja bakteerilajien tunnistamiseksi, joita ei ole ennen nähty. Analyysimenetelmät, joita käytimme, ovat erittäin toistettavissa ja niitä voidaan tulevaisuudessa soveltaa suurempiin, monipuolisempiin tietojoukoihin, mikä mahdollistaa edelleen löytämisen. "
Tulevaisuudessa tutkijat toivovat, että tämä ja vastaavat tutkimukset auttavat edelleen ymmärtämään ihmisen suolistoa, mikä puolestaan auttaa kehittämään parempia hoitoja erilaisissa olosuhteissa.
"Tämäntyyppinen tutkimus auttaa meitä luomaan ns. Ihmisen suoliston suunnitelman, joka voi tulevaisuudessa auttaa meitä ymmärtämään paremmin ihmisten terveyttä ja sairauksia ja jopa ohjaamaan ruoansulatuskanavan sairauksien diagnosointia ja hoitoa."
Tutkimuksen tekijä Trevor Lawley, Wellcome Sanger -instituutista
Samanaikaisesti työryhmä huomauttaa, että tämä tutkimus on saanut tutkijat tietoisemmaksi suuresta aukosta suolistobakteerien ympärillä.
Tutkijat tietävät tällä hetkellä suhteellisen vähän bakteerilajeista, jotka ovat tyypillisiä muille populaatioille kuin Euroopassa ja Pohjois-Amerikassa asuville populaatioille, tutkijat korostavat.
”Näemme, että monet samat bakteerilajit kerääntyvät Euroopan ja Pohjois-Amerikan populaatioiden tietoihin. Muutamat eteläamerikkalaiset ja afrikkalaiset aineistot, joita meillä oli pääsy tähän tutkimukseen, paljastivat kuitenkin merkittävän monimuotoisuuden, jota ei ole läsnä entisillä väestöryhmillä ", Finn toteaa.
"Tämä viittaa siihen, että tietojen kerääminen aliedustetuista väestöistä on välttämätöntä, jos haluamme saavuttaa todella kattavan kuvan ihmisen suolen koostumuksesta", hän lisää ja kehottaa tutkijoita jatkamaan keskittymistä entistä monipuolisempiin kohortteihin.
